Después de la ocupación de Melilla en 1497, la conquista de Mazalquivir supuso la reanudación de la política africana de los Reyes Católicos, que continuó con la conquista de Orán en 1509.
Desde hacía muchos años los piratas berberiscos asolaban las costas levantinas y andaluzas, siendo además un peligro para la navegación por el Mediterráneo. Tenían su base principal en Orán, en la costa norte de África, justo al este del extremo derecho de una gran bahía que constituía un puerto natural. A pocos kilómetros de Orán, en el extremo izquierdo de esa bahía, se encontraba la ciudad de Mazalquivir, edificada en lo alto de una peña que se adentraba en el mar formando un promontorio de 900 metros de largo, 200 de anchgo y 320 de altitud, en la que vivían no más de cien familias. La conquista de esta villa permitiría a los españoles mantener una flota y un ejército expedicionario para la posterior toma de Orán.
Con ocasión de la primera campaña de Italia contra las ambiciones del rey francés Carlos VIII, el papa Alejandro VI concedió a los Reyes Católicos la conquista y posesión perpetua de los reinos infieles de África, excepto los de Fez y Guinea, que ya habían sido dados a los portugueses.
Acabada la segunda campaña de Italia con la capitulación de Gaeta el 1 de enero de 1504, los Reyes Católicos pudieron volver su atención a su política norteafricana y combatir a los piratas berberiscos. Además, finalizada la guerra debían dar una ocupación a las tropas que tenían acuarteladas en Nápoles, pues el Gran Capitán había enviado a España "alguna gente inquieta del reino de Nápoles, para que la empleasen".
Ya en 1492 los judíos Abulafia y David de Segura ofrecieron a los reyes la ocupación de la ciudad a cambio de una recompensa económica. A su vuelta de dejar en el norte de África al rey Boabdil y su familia, el marino Juan López de Lazcano trajo noticias en 1493 de que algunas villas del reino de Tlemecén querían independizarse y pasar a la protección de los Reyes Católicos. Pero la política italiana de los reyes impidió dar ningún paso en África. Recordemos que la ocupación de Melilla en 1497 fue una empresa particular del duque de Medina Sidonia.
En 1504 el comerciante veneciano Jerónimo Vianelo, que había servido en Italia bajo las órdenes del Gran Capitán, presentó a los reyes un plano de la ciudad y sus costas y su bahía. Los reyes le encomendaron realizar la conquista de la ciudad con la ayuda del capitán general de Granada, Íñigo López de Mendoza, "el gran Tendilla", quien se ofreció conquistar toda la tierra desde Melilla a Argel con 10.000 peones y 1.000 caballos si se le financiaba con 40 millones de maravedíes. La expedición contra Mazalquivir no se realizó entonces, entre otras razones por la muerte de la reina, pero el proyecto no quedó en el olvido.
En noviembre de 1504 murió la reina Isabel, dejando en su testamento su deseo de "... que no cessen de la conquista de África e de puñar por la fe contra los infieles". A comienzos de 1505 el rey Fernando el Católico, ya viudo, había establecido tratos con el alcaide de Mazalquivir a través de un tal Lope de Sosa, un mercader de Almería, para la entrega de la ciudad. Dos meses después el cardenal Cisneros se mostró dispuesto a prestar dinero para financiar la expedición, ofreciendo al rey "once cuentos de maravedíes para las pagas". El rey Fernando comenzó los preparativos militares en junio.
Aunque en aquellos años existía la flota de vigilancia de Alborán y del Estrecho, el rey quiso reunir una flota mayor para atacar a los piratas en su propio territorio, para lo que ordenó a su secretario Hernando de Zafra que comenzase los preparativos para organizar tanto la flota como el ejército necesarios para la empresa. Se reunió una flota de 161 naves:
2 galeras, propiedad de Bernat de Vilamarí, contratadas por el rey el 30 de junio y al mando de Ramón de Cardona y Miguel Giner, y que ya habían servido en las campañas de Italia. Se les armó para la ocasión con cuatro cañones y varias piezas pequeñas de artillería y mosquetes.
3 galeotas al mando de Juan López de Lazcano, Cristóbal López de Arriarán y Alonso Cherino, habituales colaboradores de los reyes y que habían participado también en las campañas de Italia.
39 fustas, de las que doce eran propiedad del rey, puestas a punto en las atarazanas de Málaga.
11 naos y 22 carabelas, barcos redondos aptos para el combate y el transporte de todo tipo de mercancías y pertrechos de guerra.
10 tafurcas, aptas para el transporte de caballos.
2 zabras, 21 barcos, 7 barcas y 44 sin especificar.
En ellas embarcó una fuerza de 5.645 hombres distribuidos como sigue:
400 soldados de la hueste del Alcaide de los Donceles, formada por 150 escuderos a caballo o a pie, y 250 peones espingarderos, ballesteros y lanceros.
200 jinetes de acostamiento, movilizados en Granada, Córdoba, Jaén y Écija, obligados a acudir a la llamada del rey porque cobraban un sueldo en tiempos de paz.
320 jinetes, de los que dos compañías eran de caballería pesada (hombres de armas) y una de escuderos a caballo.
72 lanzas de comendadores de las órdenes de Santiago y Calatrava.
1.380 soldados de Infantería encuadrados en 22 capitanías por Gonzalo de Ayora según un método que logró establecer en la corte en el verano del año anterior. De ellas, 12 capitanías ya estaban reclutadas y organizadas, y el resto se reclutó en Málaga y alrededores.
563 espingarderos, 1178 ballesteros, 1104 lanceros y 428 sin especificar, movilizados o voluntarios de Andalucía a petición de rey.
El mando de la expedición recayó en Diego Fernández de Córdoba y Arellano, el Alcaide de los Donceles y marqués de Comares, nombrado Capitán General de la Armada para la ocasión. Iría acompañado por tres inspectores, contadores y veedores del rey: Juan de Valladolid, Pedro de Madrid y Fernando Becerra, y por una serie de alguaciles para garantizar el orden de las tropas y marinería. En esta especie de plana mayor estuvieron Gonzalo de Ayora y el capitán de Artillería Juan Rejón.
El 20 de agosto de 1505 la flota española salió de Málaga, pero los vientos contrarios le obligaron a regresar. Volvieron a salir el 3 de septiembre, pero de nuevo los vientos impidieron su avance y la flota tuvo que refugiarse el día 8 de septiembre en el puerto de Almería. Por fin el viento de Levante se calmó y la flota volvió a salir a la mar al anochecer de ese día 8 de septiembre, llegando a la bahía de Mazalquivir al amanecer del 10 de septiembre. La flota estaba formada por unas 120 naves, pues el resto había quedado en Málaga preparadas para labores logísticas, tripuladas por unos 3.400 hombres y llevando a bordo la fuerza de desembarco.
Nada más llegar frente a Mazalquivir, se procedió a trasladar a las fustas, más maniobrables y más capaces para aproximarse a la costa, las compañías de Infantería ordenadas por Gonzalo de Ayora y parte de las movilizadas por los municipios y ciudades, mientras que el resto permanecía en las carabelas y naos, que no podían acercarse a la costa, así como la caballería, que permaneció en sus tafurcas. Una tempestad asolaba la costa aquel día y ello dificultó el desembarco de las tropas españolas, que se efectuó con algo de desorden en medio de las inclemencias del tiempo. Las fustas se acercaron a la costa, y los hombres tuvieron que nadar o ser transportados en barca para llegar a tierra.
Para distraer los fuegos de los cañones de la fortleza sobre ellos y desviarlos de la fuerza de desembarco, Juan López de Lazcano hizo forrar los costados de su nave y la de Flórez de Marquina con sacos de lana y "yerba del mar", de forma que ambas naves pudieran recibir los cañonazos sin sufrir graves daños. Por esta acción se considera a Lazcano como uno de los precursores del blindaje naval.
Las primeras fuerzas en llegar a la costa fueron las dos capitanías de Ochoa de Asúa y Alonso de la Mar, quienes tuvieron que formar inmediatamente a sus 180 hombres en formación cerrada para resistir el ataque de unos 1.500 peones musulmanes que les estaban esperando. Gracias a los refuerzos de las capitanías de Ruy Díaz Cerón y Lope Sánchez de Valenzuela, que se unieron a la formación, y de peones "sueltos", algunos desembarados de las dos galeras, los españoles pudieron rechazar este ataque inicial.
Al anochecer del 10 de septiembre los españoles formaron una fuerza formada por las cinco capitanías de Ordenanza de Ochoa de Asúa, Alonso de la Mar, Diego Pacheco, Gonzalo de Ayora y Juan de Ayora, completados por peones hasta llegar al millar de hombres, y marcharon hacia "la sierra alta que está sobre la fortaleza", donde se fortificaron durante toda la noche para impedir el acceso a la plaza de los refuerzos musulmanes procedentes de tierra firme.
Durante todo el día 11 de septiembre la posición de la sierra fue atacada y hostigada por los moros. Por la mañana fue reforzada con 300 "hombres sueltos" de Córdoba y Jerez, que resultaron poco eficaces; por la tarde recibieron el refuerzo de 500 hombres más de Infantería de Ordenanza de los capitanes Hurtado de Mendoza, Salazar, Borja y Avilés, además de un millar de "peones sueltos" y dos ribadoquines, especie de varios tubos de cañón dispuestos juntos en forma de órgano para disparar en salva. También se les unió el veneciano Jerónimo Vianelo, quien dirigió los trabajos de fortificación con unos especialistas traídos por él. Mientras tanto, en la playa el Alcaide de los Donceles se dedicaba a fortificar el lugar, desembarcar la artillería y a mantener la flota fuera del alcance de los cañones de la fortaleza enemiga.
El plan era comenzar los trabajos de asedio y ataque de la plaza la tarde del 12 de septiembre. Pero no hizo falta hacerlo. Los musulmanes estaban enterados de los planes de invasión del rey Católico y enviaron refuerzos a Mazalquivir. Pero al recibir noticias de que la flota regresó a puerto por las inclemencias del tiempo, retiraron los refuerzos. Estos eran los que atacaban sin éxito la posición de la sierra, fortificada por los españoles. Por eso, los habitantes de la plaza, viendo lo inútil de la resistencia, decidieron entrar en negociaciones con los españoles.
El 12 de septiembre tuvo lugar un gran ataque de los musulmanes a la posición española de la sierra, que pudo ser rechazado gracias a los trabajos de fortificacion. Como explica Gonzalo de Ayora "teníamos dos ribadoquines y mejor aparejo en nuestra espingardería y ballestería, y nuestra gente ya confiada de la ordenanza y de sus capitanes, y con menos miedo de los alaridos de los moros". La derrota de los suyos inclinó los ánimos de los habitantes de Mazalquivir, que entregaron la fortaleza al amanecer del 13 de septiembre y pudieron salir con sus familias armas y caballos, pero dejando la artillería y provisiones.
La mezquita de la ciudad fue convertida en la iglesia de Nuestra Señora Santa María de la Concepción, donde se celebró una misa y un Te Deum de acción de gracias por la rápida y feliz conquista. Los españoles perdieron en los combates apenas una decena de muertos. Los días siguientes perdieron a 25 hombres en las labores de aprovisionamiento y aguada, hostigados por los musulmanes. El cerco que pusieron los musulmanes a Mazalquivir a partir de entonces obligó a los españoles a abastecer la plaza por mar.
El 17 de septiembre, Gonzalo de Ayora escribió una carta al rey Católico en el que incluyó un informe sobre lo acaecido durante la toma de la plaza, en el que decía que "en Mazalquivir podrán estar holgadamente trescientas lanzas de guarnición y mil quinientos peones..."
El profesor don Miguel Ángel Ladero Quesada ha escrito un muy interesante y completo artículo sobre la toma de Mazalquivir y el esfuerzo económico y organizativo que se hizo para la conquista.
Dos años más tarde, don Diego Fernández de Córdoba, que había quedado al mando de la plaza, intentó apoderarse de Orán desde Mazalquivir, con una correría que hizo con su guarnición en junio de 1507. Pero se vió acosado por un gran número de enemigos y tuvo que retroceder a toda prisa a buscar refugio en los muros de Mazalquivir, dejando gran número de muertos en el campo. Su derrota fue recibida en España como un ultraje que merecía "venganza ejemplar y pronta". Éste llegaría dos años más tarde, con la conquista de Orán por el Cardenal Cisneros y Pedro Navarro el 17 de mayo de 1509.