La Academia estuvo protegida por todos los gobernadores españoles en Flandes, muy especialmente por Francisco Antonio de Agurto y Salcedo, primer Marqués de Gastañana, gobernador de los Paises Bajos entre 1685 y 1691, y por Maximiliano Emanuel de Wittelsbach, elector de Babiera, quien le sustituyó en el cargo hasta 1706. Cada año ingresaban treinta oficiales y cadetes de los tercios y regimientos de Infantería, por lo que en los 31 años de existencia pasaron por sus aulas unos 900 alumnos. Estos recibían cinco escudos de pensión.
Anteportada de "El Arquitecto Perfecto en el Arte Militar".
El curso de impartía en dos años en horario de tarde:
Primer año: dirigido a los oficiales en general y se enseñaba Geometría, Fortificación, Artillería, Geografía y Arte de Escuadronear.
Segundo año: sólo pasaban los más aprovechados y estudiaban Fortificación, Dibujo, Geometría especulativa, Tratado de la Esfera y Navegación.
Sólo al finalizar los dos años se consideraba a los alumnos aptos para ser empleados como ingenieros.
La Academia de Bruselas no solamente admitía alumnos españoles, sino que también lo hacía con extranjeros, por lo que sus enseñanzas pasaron a Holanda, Suecia e Italia, e incluso a Francia, que organizaría en París (1690) el gran centro mundial del que surgirían Pagán y Montalanber, este último el maestro de la fortificación abaluartada neoclásica.
De la Academia salieron oficiales que sirvieron de artilleros e ingenieros en los ejércitos del Rey de España en los Países Bajos. Pero sus alumnos también fueron enviados a otros ejércitos del Rey de España y a otros monarcas aliados de España tales como el Arzobispo Elector de Tréveris y los Duques de Lorena y Saboya. Estos soberanos también enviaron oficiales a la Academia Militar para su formación militar y técnica.
Tras la muerte de Medrano en febrero de 1705 se desconoce el nombre de su sucesor. Sin embargo, es seguro que la Academia desapareciese después del 26 de mayo de 1706, fecha de la toma de Bruselas por el ejército aliado que hizo proclamar como rey de España al Archiduque Carlos, pretendiente al trono español frente a Felipe V y que significó la pérdida definitiva de los Países Bajos españoles. A partir de ese momento tomó el relevo de la formación de oficiales del ejército austríaco en Bruselas una academia fundada en 1671 en la antigua Casa de Pajes de los archiduques Alberto e Isabel y que Medrano llegó también a dirigir en 1692.
Estudio histórico del Cuerpo de Ingenieros del Ejército. Edición facsímil de la Inspección de Ingenieros. Madrid, 1987. Tomo II, páginas 10-13.