Teniente coronel de Infantería.
Medalla Militar Individual, concedida por Real Orden de 25 de enero de 1923 (Diario Oficial núm. 19), recibida estando al mando del Grupo de Fuerza Regulares Indígenas de Melilla núm. 2, por su labor de conjunto en el mando de tropas en el territorio de Melilla y, especialmente, por el intento de abastecimiento a Igueriben realizado el 19 de julio de 1921. Tenía entonces 39 años.
Miguel Nuñez de Prado y Susbielas ingresó en el Arma de Caballería. Durante los sucesos de Annual estuvo al mando del Grupo de Fuerzas Regulares núm. 2 de Melilla, donde recibió la Medalla Militar Individual por su heroico comportamiento, siendo uno de los oficiales que cumplieron con su deber en aquellas trágicas horas.
El 16 de junio de 1921 encabezó la columna de fuerzas de Infantería, Caballería y Artillería que salieron de Annual para proteger el campamento de un posible ataque de los rifeños desd la Loma de los Árboles. Iniciado el ataque en fuerza a Igueriben, participó al mando de su Caballería en la protección del convoy que a duras penas logró aprovisionar la posición. El 19 de julio mandó una de las tres columnas que trataron infructuosamente de abastecer Igueriben; su acción en este día le valió recibir una Medalla Militar Individual. Tres días más tarde, el 22 de julio, mandó la columna de Caballería de Regulares que protegió la retirada de las fuerzas españolas de Annual, protegiendo el flanco derecho de la misma (en dirección a retaguardia).
En 1923 se integró en la Aeronáutica Militar. Durante la dictadura de Primo de Rivera, intervino en diversas conspiraciones para proclamar la República, a pesar de ser gentilhombre de cámara de S.M. El Rey Alfonso XIII.
Ya instaurada la República, Núñez de Prado se afilió a la Unión Militar Republicana Antifascista (UMRA). En 1933 fue ascendido al empleo de General de División; tenía entonces 51 años.
En febrero de 1936 era el Director General de la Policía y, en calidad de tal, junto con el general Pozas, Director General de la Guardia Civil, se opuso a los intentos del general Franco, jefe del Estado Mayor del Ejército, de decretar la ley marcial durante la crisis de los días 17 a 19 de febrero, tras la primera vuelta de las elecciones generales en las que había triunfado el Frente Popular. En abril, el nuevo gobierno republicano le mantuvo en su puesto Director General de Aeronáutica, que ostentaba desde enero de 1936. Para entonces este organismo tenía bajo su jurisdicción tanto a las fuerzas aéreas terrestres y navales, como también a la aviación civil.
Con el nombramiento del general Núñez del Prado, el gobierno pretendía desmontar los posibles núcleos conspiradores, lo que permitió que la mayor parte de la fuerzas aéreas permaneciesen fieles al Gobierno republicano al producirse el golpe de estado que dio lugar a la Guerra Civil Española.
En la madrugada del 18 de julio, fue nombrado Inspector General de Ejército. Como responsable de las Fuerzas Aéreas, que entonces dependían del Ejército de Tierra, en la madrugada del 17 al 18 de julio de 1936 se aseguró de la fidelidad de los aeródromos y distintas unidades aéreas. En esas horas inciertas, el general Núñez de Prado se dirigió en avión a Zaragoza, ciudad que aún no se había sublevado formalmente, a fin de persuadir al general Cabanellas, al mando la V División Orgánica, de que no se uniese a la sublevación.
Aterrizó en el aeródromo Palomar de Zaragoza y, en un automóvil de la Comisaría de Vigilancia, se trasladó directamente al Gobierno Civil, acompañado de dos ayudantes y un secretario. Una vez en el Gobierno Civil, conferenció extensamente con el señor Vera. Desde el Gobierno se trasladó al Cuartel General de la V División Orgánica para entrevistarse con el jefe de ésta, el general Cabanellas. Los informadores pudieron enterarse en el Gobierno Civil de que el general Núñez de Prado había sido nombrado inspector de la V División, y que el objeto de su viaje era destituir al general Cabanellas, cumpliendo órdenes del ministro de la Guerra. Esta medida tendía a evitar que las fuerzas de la guarnición secundaran el movimiento iniciado por las tropas de Marruecos, mandadas por el general Franco. El general Cabanellas y los jefes de los regimientos se negaron a escuchar los requerimientos del general Núñez de Prado, al que prohibieron que abandonara el edificio. El general quedó instalado en una dependencia en calidad de detenido. Posteriormente recluido en la Academia General Militar de la ciudad. Días más tarde fue trasladado a Pamplona y puesto a disposición del general Mola. Poco después fue fusilado.
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