La energía desplegada por el capitán general de Cuba, teniente general Dionisio Vives, en la represión de la conspiración de la logia de los “Soles y Rayos de Bolívar” hizo que muchos conspiradores huyeran de la isla y se refugiaran en Méjico y Colombia. Allí crearon una Junta Patriótica Cubana en la que las principales ciudades y pueblos de la isla tenían su representación. El 4 de julio de 1825 se reunieron los miembros, eligieron a Juan A. Unzueta y José Fernández de Velasco, de la Habana y Puerto Príncipe, como presidente y secretario respectivamente y enviaron representantes a los dirigentes de Méjico y de Colombia.
Dos años antes, el coronel don José Miguel Ramón Adaucto Fernández y Félix, alias "Guadalupe Victoria", uno de los próceres de la independencia mejicana, había fundado la sociedad secreta "Aguila Negra", o Partido (o Legión) del Águila Negra, en mayo de 1823. El coronel Adaucto había sido proclamado como el primer presidente de la república en octubre de 1824, tras el fracasado autonombramiento del general don Agustín de Iturbide como emperador de Méjico. La sociedad se fundó como logia a modo masónico, sin afiliarse a la masonería, con el único propósito de liberar los territorios que aún pertenecían a España, y poner coto al poder de la Iglesia Católica en la sociedad civil; de ahí el antiespañolismo que rezumaba.
Uno de sus objetivos era lograr la independencia de Cuba. Por ello, el coronel Adaucto acogió bien a los emisarios de la Junta Patriótica Cubana, y logró que el congreso mejicano autorizase al gobierno a realizar una expedición militar, en unión con la república de Colombia, para ayudar a conseguir la independencia de la isla. Al mando de la expedición mejicana estaría el célebre Antonio López de Santa Ana, que se haría famoso años más tarde luchando contra los tejanos en El Álamo en 1836.
Por su parte, Simón Bolívar autorizó una expedición colombiana, que estaría formada por 10.000 soldados y 1.000 jinetes al mando del general José Antonio Páez, que debería cruzar el mar protegido por la escuadra del señor Juan de Padilla. En este ejército se incluiría un núcleo de voluntarios cubanos y portorriqueños al mando del general Valero, último vencedor de los españoles en el Callao, al cual se unirían los patriotas cubanos de la isla. Para ello, los colombianos compraron varios buques a los Estados Unidos
El capitán general de Cuba, teniente general Dionisio Vives, fue informado de estos movimientos y se aprestó a la defensa de la isla y de sus puntos más débiles o de mayor concentración de insurgentes.
Los hermanos Alonso y Fernando Betancourt, de la antigua familia de los Betancourt de Puerto Príncipe, estaban exiliados en Estados Unidos, decidieron unirse a la expedición colombiana y embarcaron rumbo a Cartagena de Indias. Al llegar a Jamaica se encontraron con José Salas y Juan Betancourt, coroneles del ejército colombiano que había sido comisionados para reconocer la costa sur de Cuba y recomendar el sitio más propicio para que la expedición desembarcara. Los hermanos decidieron unirse a los colombianos y el 4 de marzo de 1826 se hicieron a la mar en una balandra inglesa llamada “Margaret”, que transportaba cien fusiles, doscientas lanzas, diez quintales de pólvora y diez mil cartuchos.
Previamente, en Puerto Príncipe habían aparecido algunos individuos procedentes de Jamaica alentando el levantamiento y anunciando que desde Colombia desembarcarían unos 2.000 hombres en la costa sur, sobre Santa Cruz, para ayudarlos. Pero la conjura fue descubierta. Francisco Agüero y Manuel Andrés Sánchez fueron detenidos con documentos comprometedores; se les juzgó, se les condenó a muerte y se les ahorcó en la plaza de Puerto Príncipe el 17 de marzo de 1826.
Tras cuatro días de navegación, el 8 de marzo fondearon en las proximidades de Santa Cruz, en la costa norte de la bahía de Manzanillo. Los hermanos Betancourt bajaron a tierra para dirigirse a la hacienda de un pariente y enviar avisos a Puerto Príncipe de su llegada. Ocho días más tarde, recibieron la respuesta: su pariente y otro amigo, Fernando Cosío, habían sido apresados y conducidos a Santiago de Cuba bajo la acusación de pertenencia a la masonería; también les informaron de la sentencia a muerte de Agüero y Sánchez. Por ello, se les recomendaba regresar a Jamaica, cosa que hicieron tras sufrir varias peripecias en otros lugares de la isla, porque las autoridades españolas estaban enteradas del complot y habían enviado patrullas a detenerles.
En junio 1827, el general Vives dividió la isla en tres departamentos para facilitar el control de su defensa: Oriental, con capital en Santiago de Cuba, con distritos en Santiago, Bayamo, Holguín y Baracoa; Central, con capital en Trinidad, posteriormente Puerto Príncipe, con los distritos de Puerto Príncipe, Cienfuegos, Villaclara, Santi Spiritus y Trinidad; y Occidental, con capital en la propia Habana y con once distritos.
En aquellos años, la escuadra española de las Antillas contaba con un navío, cuatro fragatas, dos corbetas, tres bergantines y dos goletas con un total de 365 cañones, manejada por unos 2.000 soldados y marineros, al mando del brigadier de la Armada don Angel Laborda Navarro. El brigadier Laborda desplegó una actividad febril; apresó cerca de la Habana al bergantín mejicano “Guerrero”, de 22 cañones, limpió la costa de corsarios, eliminó de aventureros y corsarios la isla de Pinos, que fue posteriormente colonizada por el general Vives, quien fundó en ella la ciudad de Nueva Gerona.
La expedición mejicana se reunió en el Yucatán; pero cuando estaban listos para zarpar, se canceló la misión en el último momento. Un factor determinante fue que los EEUU presionaron para ello, pues consideraban que las Antillas españolas tarde o temprano acabarían siendo suyas y no querían ver a los mejicanos en ellas. Cuando Simón Bolivar conoció la actitud de los Estados Unidos, declaró a los representantes cubanos de la Junta Patriótica que desistía de la empresa. Además, Bolívar se enfrentaba al fracaso de su proyecto de la Gran Colombia, ya que el general José Antonio Páez, lugarteniente suyo en las luchas contra los españoles, logró independizar Venezuela de Colombia en el año de 1829. Tras este fracaso, la Junta Patriótica Cubana se disolvió.
Otro factor decisivo para el fracaso de la insurrección fue que las autoridades españolas en Cuba descubrieron la trama cubana de la sociedad, desbaratándola.
La sucursal cubana de "Aguila Negra" se fundó en 1826 con blancos, insulares en su mayoría, liderados por los licenciados don Manuel Rojo y don Manuel de la Torres, cubanos de nacimiento, quienes estaban en connivencia con los planes mejicanos de invasión. Otros afiliados eran Lucas Ugarte, Gaspar Acosta, los hermanos Gabriel y Pedro Peláez, el capitán Francisco Senmanat, Luis Ramírez, Andrés de la Flor, Francisco Rodríguez, Francisco de la O García, Pedro Muros, Mateo Somellán y Manuel Palacios. Éstos últimos ejercían de correo entre Matanzas y Nueva Orleans. Su misión era la de apoyar la invasión desde la isla.
La conspiración de esta trama cubana coincidió con la invasión de Méjico por el ejército español de Cuba. El 5 de julio de 1829 zarpó de la Habana un ejército de 3.500 hombres al mando del brigadier Isidro Barradas en un convoy protegido por la escuadra del brigadier Laborde. La expedición española desembarcó el 27 de julio en la costa meridional de Tampico y logró un éxito inicial: el 4 de agosto tomó el castillo de Tampico, el 9 de agosto entró en la ciudad, que había sido abandonada, y el 18 de agosto tomó Altamira. El general Santa Ana corrió a enfrentarse a los españoles y los entretuvo en Tampico en espera de recibir refuerzos, mientras que los españoles veían mermadas sus fuerzas por culpa de las enfermedades. Finalmente, el 11 de septiembre el brigadier Barradas se vio obligado a rendirse. El general Santa Ana le permitió retirarse con todas sus tropas a la Habana, donde llegó a finales de diciembre.
Las noticias de una nueva derrota de España en el continente sin duda dieron impulso al complot que se gestaba en Cuba. Pero la sociedad fue finalmente descubierta porque el 23 de diciembre de 1829 llegó a La Habana un comunicado desde Estados Unidos informando que un tal José Rubio había llevado al continente un documento con los estatutos de una sociedad secreta. Abierta la pertinente investigación, fue apresado José Julián Solís, a quien se le encontró documentación y que acabó denunciando la trama. La red cayó en febrero de 1830. Detenidas y juzgadas una veintena de personas, fueron acusados por un tribunal militar y encontrados culpables de conspiración; a seis de ellos se les condenó a muerte (entre ellos Manuel Rojo, el capitán Francisco Senmanat, Luis Ramírez y Andrés de la Flor) y a otros a diez años de prisión. Pero el general Vives, movido por la creencia que la clemencia obraría mejor políticamente que el rigor, solicitó al rey que los condenados fueran acogidos en el decreto de amnistía que el gobierno había emitido por el nacimiento de la princesa Isabel, nacida el 10 de octubre de ese mismo año.