El coronel Morales, al igual que los generales Silvestre y Berenguer también había nacido en Cuba, en Sancti Spiritu, provincial de Sta. Clara, el 12 de diciembre de 1866. Era hijo del coronel de Infantería D. José Morales y Montero de Espinosa y de Ana Mendigutía Navarro.

Diplomado de Estado Mayor, durante la guerra de Cuba fue condecorado con tres cruces rojas al merito militar. Tras la guerra, llegó a España en 1899 con 33 años, desempeñando el resto de su carrera militar en África.

Durante la masacre del Barranco del Lobo, ocurrida el 27 de julio de 1909, de la que milagrosamente salió ileso tras perder su caballo, destacó por sus dotes de mando y organización, reconduciendo con pericia a las desorganizadas tropas españolas; esto le valió el ascenso a Teniente Coronel por meritos de guerra. Tenía entonces 42 años.

Morales era un intelectual y un apasionado del mundo árabe, del que era un erudito. Hombre culto, como refleja su obra Datos para la Historia de Melilla, era miembro de la Real Academia de la Historia desde 1918, en la ingresó con 52 años. Políglota, dominaba el inglés y el francés así como el árabe y el Chelja, dialecto berebere en el que se expresan los rifeños.

Aunque reunía suficientes meritos para haber alcanzado el generalato, su carácter amable y poco codicioso le alejaba de los círculos de influencia donde se dirimían estos ascensos. El general Silvestre le propuso para brigadier el 1 de febrero de 1921, pero nunca llegaría a lucir las divisas de éste empleo.

Poseedor de un gran prestigio entre los jefes nativos, no había un jefe mejor en la Comandancia General de Melilla para dirigir tropas indígenas o una negociación con estos. Era un hombre admirado tanto por sus tropas de la Policía Indígena (de los que era jefe), como por los notables rifeños, sobre los que tenía un gran ascendente. Como director de la política española para con los nativos, el coronel Morales había realizado una gran labor de aproximación y comprensión de los naturales. Lamentablemente el general Silvestre no era del mismo talante.

El coronel Morales desconfiaba de la toma de Annual y así se lo hizo saber al general Silvestre, que desestimó tanto los recelos de éste como la propuesta de teniente coronel Dávila de enlazar la posición de Annual con la de Sidi Dris a fin de tener un apoyo en la costa. Es autor de un informe reservado que dirigió al general Silveste manifestando que las fuerzas españolas habían llegado al límite de su elasticidad y que era llegado el momento de consolidar lo alcanzado. El general Silvestre no hizo caso del informe y, haciendo prevalecer su rango, dirigió el ejercito hacia el matadero. El informe fue entregado al general Picasso por su familia al conocer su nombramiento como Juez Instructor por el Gobierno para conocer lo ocurrido. Siendo el coronel Morales el más capacitado de los jefes militares españoles en el territorio de la Comandancia General de Melilla, lamentablemente no tenía la capacidad de decisión.

Al igual que otros tantos militares españoles, el coronel Morales fue una de las desafortunadas victimas del 22 de julio de 1921. Su cadáver fue entregado por Abd El-Krim a la tripulación del cañonero "Laya" en Alhucemas, sin que mediara rescate alguno, lo que fue una excepción y demuestra el sincero aprecio que sentía Abd El-Krim por el jefe de la Oficina indígena. Murió con 54 años.