Sebastián Fernández de Medrano nació en 1646. Participó en las campañas de Italia y Flandes. Tras la campaña de ésta última de 1674 decidió retirarse y regresar a España con el empleo de Alferez de Infantería, pero su nombre quedaría unido irremediablemente al de Bruselas para la posteridad.

Los Maestres de Campo Don Diego Gómez de Espinosa y Don Luis de Acosta Quiroga conocían las habilidades técnicas de Medrano, por lo que solicitaron a Don Joseph Manrique solicitaron al Duque de Villahermosa, Capitán General de los Estados de Flandes, que se estableciese una Academia Militar en Bruselas para la educación de los cadetes y oficiales del ejército español en aquellos Estados.

Fundada por el Capitán General en 1675 con el nombre de Academia Real y Militar del Exercito de los Payses-Baxos, Medrano fue nombrado director desde el primer día con el título de Maestro. Publicado el reglamento de la nueva academia, acudieron muchos oficiales de todos los cuerpos a formar parte de las clases impartida por Medrano.

Desde la fundación de la Academia hasta la Paz de Nimega de septiembre de 1678 Medrano asistió a todas las campañas como oficial del Cuartel General del ejército de operaciones, "en seguimiento de los señores generales", para adquirir nuevos conocimientos, poner en práctica los que poseía y demostrar su valía. A partir de esta fecha no pudo seguir haciendolo por haber perdido vista, pero siguió dedicado a la enseñanza y publicando libros. Entre ellos destaca El arquitecto perfecto en el Arte Militar, publicado en 1700 en Bruselas.

Para adecuar el título de Medrano y su nueva responsabilidad con su empleo militar, el Capitán General le otorgó en 1679 el de Capitán en el tercio del maestre Don Luis de Costa Quiroga. Al año siguiente el rey dispuso que Medrano continuase con la enseñanza de las matemáticas y se le diese el sueldo de capitán, para poder desembarazarle de otras tareas.

El 18 de mayo de 1689 fue nombrado Maestre de Campo. Ascendió a Sargento Mayor de Batalla el 17 de marzo de 1694.

En 1692 Medrano llegó a dirigir una academia de matemáticas fundada en 1671 en la antigua Casa de Pajes de los archiduques Alberto e Isabel, y que pasados los años tomaría el relevo de la academia española en 1706 tras la desaparición de ésta.

A petición del Consejo de Guerra el general Fernández Medrano remitió un informe sobre la organización de su Academia de Bruselas titulado "Formulario con que el Sargento general de Batalla, D. Sebastián Fernández de Medrano, estableció de orden de S.M. la nueva y Real Academia Militar de que es Director" y que sirvió para que el rey Carlos II ordenara la creación de una Academia Militar en Barcelona el 22 de enero de 1700.

La labor didáctica de Medrano no se limitó a enseñar, sino que elaboró personalmente casi todos los textos que se utilizaban en la Academia, en algún caso con ayuda de sus mejores alumnos. Fue autor de los siguientes textos, que fueron traducidos al francés y usados durante muchos años en las Academias europeas para la formación de ingenieros militares:

• "Rudimentos Geométricos y Militares" (1677)
• "El Práctico Artillero" (1691)
• "El Ingeniero Práctico" (Bruselas,1696)
• "Breve Tratado de Geografía" (Bruselas, 1700), en colaboración con su alumno Próspero de Verboom.
• "El Arquitecto Perfecto en el Arte Militar" (Amberes, 1708)
• "Elementos de Euclides amplificados"
• "Geografía Moderna, descripción del Mundo y sus Partes (Amberes, 1719)
• "Fundación y Reglas de la Academia llamada la Peregrina".

En 1704 sufrió un ataque de apoplegía. Falleció en Bruselas el 18 de febrero de 1705 a la edad de 59 años.