En marzo de 1904 se trasladó a Melilla para mandar el Escuadrón de Cazadores de Alcántara. El 19 de enero de 1907 su mujer murió, dejánole viudo a los 36 años y con dos hijos. Durante su estancia en Melilla se dedicó a estudiar árabe en la Escuela Oficial de Árabe de Melilla, en la obtuvo la calificación de "Muy Bueno" en los dos primeros cursos. Se da la paradoja que el profesor que le aprobó fué el propio Abd el-Krim, que en aquella época residía en Melilla.

A finales de agosto de 1908 se trasladó a la ciudad de Casablanca, donde el Ministro de Estado le destinó como Jefe Superior Instructor de la Policía Jerifiana, previa conformidad del Sultán de Marruecos. Así mismo, se le da el mando de las fuerzas españolas desembarcadas en Casablanca y se le nombra instructor de la Policía Marroquí de la ciudad.

El 7 de febrero de 1909 asciendió por antigüedad a Teniente Coronel, con 37 años. En 1911 los ánimos antiespañoles estaban exacerbados y los Ben Malek, una familia nativa amiga de España, son asesinados en Larache. El 13 de junio, los pocos españoles de Larache se parapetaron en los muelles temiendo el ataque de las tribus. Del acorazado España desembarcó el teniente coronel Silvestre procedente de Casablanca, se entrevistó con el Raisuni (cabecilla local con gran poder e influencia en la zona) y congeniaron, dando paso a una solución del conflicto. El Silvestre guerrero de la manigua cubana dejó paso a un Silvestre que se revela como hábil negociador, y dejó abiertas a los españoles las puertas de la zona noroccidental de Marruecos.

El 22 de febrero de 1912 asciendió a coronel, con 40 años. En el verano de ese año el coronel Silvestre acumuló fuerzas en Larache y pactó con El Raisuni la ocupación de Arcila por tropas españolas el 17 de agosto, que estaba semiocupada por un destacamento francés que tendía una línea telegráfica con Tánger. Los franceses se quedaron asombrados por el hecho, París se irritó y Madrid se asustó. Aunque Silvestre es demasiado belicoso para el presidente del gobierno, Canalejas, le dejaron hacer y respaldaron su acción. Tras el asesinato de Canalejas, España firmó precipitadamente un tratado leonino con Francia, que redujo a 21.000 km. cuadrados la zona de influencia española pactada en otras ocasiones, situados en la zona más pobre, agreste y levantisca, mientras que Francia se reservó 415.000 Kms. cuadrado. El tratado quedo rubricado el 30 de noviembre de 1912, dando origen al Protectorado español en Marruecos.

El 19 de junio de 1913 el coronel Silvestre es nombrado Comandante General de Larache. Dos años más tarde tuvo que abandonar la Comandancia Militar por culpa de un conflicto con El Raisuni: el coronel Silvestre dió la orden de liberar a unos cautivos del Raisuni por parte del capitán Guedea. Un tal Al-Kalai, agente del Raisuni colaborador de España, es muerto por los españoles en un paso fronterizo. De su muerte se responsabiliza al coronel Silvestre, que se ve obligado a cesar en el cargo el 9 de julio de 1915. Ese mismo día fué nombrado Ayudante de Campo de SM. El Rey, función que desempeñó hasta julio de 1919.

El 17 de junio de 1917 ascendió a General de Brigada por "méritos de guerra", con 46 años. Una año más tarde, con 47 años, ascendió a General de División en 28 de junio de 1918, por "servicios y circunstancias".

En 1918 las tres Comandancias Generales de Ceuta, Melilla y Larache se reorganizan en tan solo dos: Ceuta y Melilla. El 23 de julio de 1919 fue nombrado nuevo Comandante General de Ceuta. Pocas semanas después el general Berenguer tomaba posesión de su cargo de Alto Comisario. El general Silvestre esperaba para sí el nombramiento de Alto Comisario y sufrió una gran decepción cuando Berenguer fué nombrado. La relación entre ambos generales era compleja. Compañeros de armas, ambos cubanos, los dos contaban con el favor real. Silvestre, que había sido superior de Berenguer, ahora le precedía en el escalafón, aunque en un sólo número. Los rumores sobre su rivalidad eran públicos. Aunque los dos se apreciaban mutuamente, los dos mantenían criterios opuestos sobre la pacificación de Marruecos, y el general Silvestre, de natural impulsivo, no doblegaba su tendencia a la insubordinación sobre el terreno. La armonía entre ambos generales era harto difícil.

A finales de enero el Comandante General de Melilla, general Aizpuru, ascendió a Teniente General, y el general Silvestre solicitó al general Berenguer que propusiera al gobierno su nombre para ocupar la vacante. Se dice que SM. El Rey medió en la concesión del mando, pues a ambos les unía una buena amistad. De este modo, el 12 de febrero de 1920 tomó posesión de la Comandancia General de Melilla.

Entre mayo de 1920 y junio de 1921 el general Silvestre protagonizó un espectacular avance del frente oriental del Protectorado sobre el interior del Rif, ilusionando a los españoles con la posibilidad de alcanzar por fin la bahía de Alhucemas y finalizar la sangría de Marruecos. Sin embargo, la ilusión se derrumbó de marea cruenta y horrible en el verano de 1921, y el general Silvestre se convirtió en el responsable de la pérdida de un ejército español completo.

El general Silvestre murió el 22 de julio de 1921 con 49 años en circunstancias no esclarecidas. Mientras una versión dice que se suicidó en una de las tiendas de campaña de Annual, otra versión dice que fué abatido a tiros por los rifeños junto con el coronel Manella y varios oficiales que trataban de defenderse.

No faltan historias sobre la posible localización de la tumba del general Silvestre en una caseta de mampostería situada a unos 4 kilómetros de Annual, ni la hipotética presencia anónima del general Silvestre en un poblado árabe de la zona francesa, que originó una expedición de búsqueda al mando del comandante Capaz y en la iba encuadrado su hijo, el teniente Silvestre.

Descanse en paz donde quiera que se haye su cuerpo.