Mientras tanto, la Brigada de Cazadores Dupré se había establecido en Villa del Río (entonces Aldea del Río) el día 3 de junio para dar tiempo a la concentración de todas las tropas francesas en Andújar. El día 4 de junio Dupont envió la Brigada de Dragones Privé a Bujalance en dirección a Granada, pero no pudieron abrirse paso, con lo que se perdió la esperanza de incorporar los efectivos de la Brigada Schramamm; Ese mismo día se sublevó el Regimiento Preux nº. 6 en Andújar, que no quería combatir contra los españoles. El general Rouyer volvió a reiterarles la promesa de que no harían tal cosa. Para restar tiempo al enemigo a organizarse, Dupont decidió desencadenar una rápida ofensiva. Para ello el día 5 de junio concentró sus tropas de infantería y artillería en Villa del Río; el día 6 de junio avanzó con el grueso de las mismas hasta El Carpio, y a las once de la noche partió para presentarse en el Puente de Alcolea al amanecer.

Nada más llegar al puente de Alcolea, la vanguardia francesa fue recibida por los disparos de cañón y fusil de los españoles allí desplegados. El combate presentó cinco fases o momentos diferentes:

• En primer lugar Dupont mandó desplegar su artillería, compuesta por 16 piezas de cuatro, de a ocho y de a doce, en las alturas próximas a la carretera desde las que podía batir fácilmente las posiciones españolas de la orilla derecha del río. Se entabló así un intenso cañoneo que duró una hora y media.
  
  

• Mientras tanto, Dupont mandó un destamento de marinos de la Guardia a reconocer el puente al mando del capitán de fragata Baste. Este comprobó que no estaba minado ni obstruido con barricadas, sino simplemente defendido por un reducto improvisado en la orilla izquierda. Dupont decidió mandar a la División Barbou en su ataque, debiendo iniciar el mismo la Brigada Pannetier seguida a cierta distancia de la Brigada Chabert.
  
  

• Antes de que se iniciara el ataque, las fuerzas españolas del conde de Valdecañas aparecieron en las alturas que dominan la carretera general amenazando el flanco izquierdo y la retaguardia francesa, por lo que Dupont envió contra ellos la División de Caballería del general Fresia con la Brigada de Cazadores Dupré y la Brigada de Dragones Privé, seguida por el resto de los marinos de la Guardia y la Brigada Rouyer. Los jinetes de Valdecañas se lanzaron impetuosamente a la carga; pero antes de llegar al choque los Dragones de la Reina efectuaron una variación para rodear un montículo que los separaba de los franceses. Los paisanos a caballo creyeron que los dragones se retiraban, por lo que volvieron grupas y comenzaron a huir. La caballería francesa del general Fresia cargó sobre ellos haciendo gran mortandaz en ellos. Los supervivientes intentaron cruzar el rió por el vado del Rincón, pero no acertaron con el paso, fueron arrastrados por la corriente y perecieron ahogados.
  
  

• Entretanto, la Brigada Pannetier se lanzó al asalto del reducto defendido por el capitán Lasala. Atacaron en cabeza dos batallones de la Guardia Municipal de París, seguidos de cerca por la 3ª Legión de reserva. Los españoles los recibieron con un nutrido fuego que ocasionó al enemigo nutridas bajas. No obstante, los franceses lograron llegar al foso del reducto, escalaron el parapeto del mismo y obligaron a los españoles a retirarse del reducto y a cruzar el puente hacia la orilla derecha del río. Los franceses cruzaron el puente persiguiendo a los españoles, ya la lucha se generalizó por ambos bandos en el pueblo de Alcolea por espacio de dos horas, al cabo de las cuales quedó de manifiesto la superioridad de los franceses, que obligaron a los españoles a abandonar el pueblo. En su interior los franceses mataron a todos los paisanos que encontraron con armas en la mano.
  
  

• Las fuerzas regulares españolas se retiraron con órden y tomaron posiciones de nuevo en la Cuesta de la Lancha mientras los franceses rellenaban el foso del reducto para abrir el paso a sus unidades de caballería y artillería. A mediodía se reanudó la ofensiva de los franceses con un movimiento envolvente sobre el ala izquierda de las tropas de Echávarri. En vista de esta amenaza, los jefes españoles decidieron retirarse a la ciudad de Córdoba y resistir en ella hasta que el general Castaños acudiera a socorrerla. La retirada se produjo en medio del caos debido a la voladura de un carro de municiones que provocó el pánico entre los paisanos que acompañaban a las fuerzas regulares. De este modo Echávarri no pudo organizar la defensa de la ciudad y se vió forzado a abandonar Córdoba dejando tan solo una compañía de granaderos para entretener a los franceses y proteger la retirada de los demás hacia Écija.

De este modo finalizó el Combate del Puente de Alcolea, primer enfrentamiento armado de importancia entre fuerzas españolas organizadas y francesas y que se saldó con 140 bajas francesas y unas 200 españolas entre militares y civiles.